Vyriausybė jau pritarė Lygių galimybių įstatymo pakeitimo projektui, kuris numato, kad religinėms organizacijoms lygių galimybių principas praktiškai bus netaikomas.
ES direktyvos 2000/78 4(2) straipsnis numato specifinę išimtį dėl profesinių reikalavimų taikymo religijos ar įsitikinimų pagrindu. Tai ypač svarbu lesbietėms ir gėjams, kurie gali susidurti su kliūtimis norėdami įsidarbinti religinėse organizacijose – pavyzdžiui, katalikiškoje mokykloje. Valstybės narės gali toliau taikyti nacionalinius teisės aktus, pagal kuriuos bažnytinių ir kitų valstybinių arba privačių organizacijų, kurių veiklą reguliuojančios normos grindžiamos religija ar įsitikinimais, profesinėje veikloje dėl asmens religijos ar įsitikinimų taikomos skirtingos sąlygos nėra diskriminacija, jei asmens išpažįstama religija ar įsitikinimai atsižvelgiant į organizacijos veiklos normas yra įprastas, teisėtas ir pateisinamas profesinis reikalavimas. Ši praktika apima ne tik norinčius įsidarbinti, bet ir esamus darbuotojus. Bažnyčios ir kitos religinės įstaigos gali “reikalauti, kad jiems dirbantys asmenys sąžiningai ir ištikimai laikytųsi minėtų organizacijų veiklos normų”.
Tačiau darbdaviai norintys taikyti šią nuostatą turės įrodyti, kad asmens išpažįstama religija ar įsitikinimai buvo būtini tam tikrai pareigybei užimti. Religinei mokyklai bus nesunku pateisinti tokius reikalavimus tikybos mokytojui, tačiau diskriminuoti religijos pagrindu prancūzų kalbos ar informatikos mokytojus – daug sudėtingiau.
Svarbu pažymėti, kad aptarta išimtis negali būti naudojama kaip paslėpta priemonė diskriminuoti kitais pagrindais, taip pat ir dėl seksualinės orientacijos.
Lygių galimybių įstatymo pakeitimo projekto 3 str. nurodoma, kad šio įstatymo nuostatos netaikomos ne tik direktyvoje nurodytomis išimtinėmis aplinkybėmis, bet ir kitais atvejais:
1) religinėms bendruomenėms ir bendrijoms, jų arba jų narių įsteigtoms organizacijoms, kurių įstatuose ar juos atitinkančiuose dokumentuose nurodyta, kad jų etosas remiasi religija ar tikėjimu, teikiant gaminius, prekes ir paslaugas religiniais arba tikėjimo tikslais;
2) priimant asmenis mokytis ar studijuoti į religinių bendruomenių ir bendrijų, jų arba jų narių įsteigtas mokyklas ir įstaigas, įmones, organizacijas, kurioms švietimas nėra pagrindinė veikla, rengiančias darbuotojus religinėms bendruomenėms ir bendrijoms, jų arba jų narių įsteigtoms organizacijoms;
3) priimant asmenis mokytis ar studijuoti į religinių bendruomenių ir bendrijų, jų arba jų narių įsteigtas mokyklas ir įstaigas, įmones, organizacijas, kurioms švietimas nėra pagrindinė veikla, įsteigtas turint ugdymo religinės bendruomenės ar bendrijos vertybes palaikančioje aplinkoje tikslą, kai atsisakymas priimti asmenį yra būtinas siekiant išsaugoti įstaigos, institucijos ar organizacijos etosą;
4) mokant tradicinių religinių bendruomenių ir bendrijų tikybos, švietimo programoms ir vadovėliams, mokymo priemonėms, kai reikia užtikrinti religinių bendruomenių ar bendrijų teisę laisvai išpažinti, praktikuoti savo tikėjimą ir mokyti jo.
Tad akivaizdu, kad religinės organizacijos siekia neteisėtai išvengti lygių galimybių principo taikymo ir tose srityse, kuriose ES teisė jokių išimčių nenumato — teikiant gaminius, prekes ir paslaugas, priimant asmenis mokytis ar studijuoti į mokyklas ir įstaigas, švietimo programoms ir vadovėliams, mokymo priemonėms. Tokiu būdu Lygių galimybių įstatymas suteiks teisę religinėms organizacijoms diskriminuoti žmones įvairiais pagrindais.